西元2301年地球被多比巴达星人释放的细菌攻击，面临被外星人占据的危机。在300年前的两津身上拥有可以对抗细菌的稀有抗体，地球防卫队派出两津的后代子孙两津实直，让他前往300年前采回两津身上的抗体。然而，多比巴达星人也派刺客返回300年前想要阻止抗体的采回。
另一方面，2001年的两津正与大原所长在京都旅行。阿两的子孙及派出所的各位都聚集在京都。他们是否能够成功拯救未来的地球呢?
乌龙派出所特别篇：2001年京都之旅 こちら葛飾区亀有公園前派出所 湯けむりポロリ 2001年京都の旅
演员： 拉沙尔石井
导演：高松信司
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